おそらくPhoton Fusion, Photon Quantum, PUNあたりは裏で勝手にやってくれているはずなので対象外。
どこかのUnityバージョンから、裏でスレッドが動き続けているとゲーム終了時にフリーズやクラッシュをするようになった。
Unity Issue Tracker - [General] Terminate Unity Player is never executed when an infinite loop that increments an integer is running in IL2CPP without sleep
こんな感じでQuit時に _loadBalancingClient.LoadBalancingPeer.StopThread(); や SupportClass.StopAllBackgroundCalls(); を呼べば解決。
素直にConnectionHandler.csを使っていれば呼んでくれている。